Природа Внутренней Азии
Библиографическое описание:
, , ЭКОЛОГИЧЕСКИЕ УСЛОВИЯ И ТАКСОНОМИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ МИКРОБНОГО СООБЩЕСТВА ВОДЫ ХОЛОДНОГО ИСТОЧНИКА БУКСЫХЕН (СЕВЕРНОЕ ПРИБАЙКАЛЬЕ) // Природа Внутренней Азии. - 2023. №1(23). . - С. 6-17.
Заглавие:
ЭКОЛОГИЧЕСКИЕ УСЛОВИЯ И ТАКСОНОМИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ МИКРОБНОГО СООБЩЕСТВА ВОДЫ ХОЛОДНОГО ИСТОЧНИКА БУКСЫХЕН (СЕВЕРНОЕ ПРИБАЙКАЛЬЕ)
Финансирование:
Работа выполнена в рамках темы госзадания № 121030100229-1
Коды:
Аннотация:
Были изучены экологические условия обитания микробных сообществ источника Буксыхен. Анализ физико-химических параметров, макрокомпонентного и микрокомпонентного состава путем кластеризации выявил распределение пяти выхо- дов источника Буксыхен в две группы. Впервые с применением молекулярно-генети- ческих методов было изучено таксономическое разнообразие микробных сообществ воды пяти выходов холодных источников Буксыхен (Северное Прибайкалье). Анализ молекулярно-генетических исследований показал доминирование представителей классов Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria филума Proteobacteria в воде иссле- дуемых источников. Сравнительный анализ библиотек на уровне семейств выявил, что во всех микробных сообществах доминантами и содоминантами были представители семейства Comamonadaceae, процент присутствия варьировал от 19 до 41%. Наиболь- шие отличия в таксономическом составе были обнаружены в микробном сообществе выхода Буксыхен-глазной. Использование метода ССА позволило установить, что для большинства семейств в составе исследуемых микробных сообществ значимыми оказались факторы содержания С, температуры, минерализации, рН и макрокомпонентов.
Ключевые слова:
холодные источники, микробные сообщества, экологические факторы, макрокомпонентный состав, микроэлементный состав, таксономическое разнообразие, Прибайкалье.
Список литературы:
Белькова Н. Л. Модифицированная методика выделения суммарной ДНК из водных проб и грунтовых вытяжек методом ферментативного лизиса. Молекулярно-генетические методы анализа микробных сообществ. Разнообразие микробных сообществ внутренних водоемов России: учебно-методическое пособие. Ярославль : Принтхаус, 2009. С. 53–63. Текст : непосредственный.
Иванов В. В., Невраев Г. А. Классификация подземных минеральных вод. Москва : Недра, 1964. 168 с. Текст : непосредственный.
Трухин Ю. П. Геохимия современных геотермальных процессов и перспективные геотехнологии. Москва : Наука, 2003. 376 с. Текст : непосредственный.
Bozal N. Characterization of Several Psychrobacter Strains Isolated from Antarctic Environments and Description of Psychrobacter luti sp. nov. аnd Psychrobacter fozii sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2003; 53(4): 1093–1100. doi:10.1099/ijs.0.02457-0.PMID12892132
Camacho A., Rochera C., Silvestre J. José, Vicente E., Hahn M. W. Spatial Dominance and Inorganic Carbon Assimilation by Conspicuous Autotrophic Biofilms in a Physical and Chemical Gradient of a Cold Sulfurous Spring: The Role of Differential Ecological Strategies. Microbial Ecology. 2005; 50: 172–184. doi:10.1007/s00248-004-0156-x
Chaudhary A., Haack Sh. K., Duris J. W., Marsh T. L. Bacterial and Archaeal Phylogenetic Diversity of a Cold Sulfur-Rich Spring on the Shoreline of Lake Erie, Michigan. Applied and Environmental Microbiology. 2009; 75(15): 5025–5036. doi:10.1128/AEM.00112-09
Edgar R. C. Search and Clustering Orders of Magnitude Fster than BLAST. Bioinformatics. 2010; 26: 2460–2461.
Edgar R. C. UPARSE: Highly Accurate OTU Sequences from Microbial Amplicon Reads. Nature Methods. 2013; 10: 996–998.
Guðmundsdóttir R., Kreiling A. K., Kristjánsson B. K., Marteinsson V. Þ., Pálsson S. Bacterial Diversity in Icelandic Cold Spring Sources and in Relation to the Groundwater Amphipod Crangonyx islandicus. PLoS One. 2019; 14(10): e0222527. doi:10.1371/journal. pone.0222527
Hammer Ø., Harper D. A. T., Ryan P. D. PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica. 2001; 4(1): 1–9. http:// palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
Kirchman D. L. The Ecology of Cytophaga-Flavobacteria in Aquatic Environments. FEMS Microbiol Ecol. 2002. 39(2): 91–100.
Klindworth A., Pruesse E., Schweer T., Peplies J., Quast C., Horn M., Glöckner F. O. Evaluation of General 16S Ribosomal RNA Gene PCR Primers for Classical and Next-Generation Sequencing-Based Diversity Studies. Nucleic Acids Res. 2013. 41(1): e1. doi 10.1093/nar/gks808
Li G., Jiang H., Hou W., Wang S., Huang L., Ren H., Deng S., Dong H.. Microbial Diversity in Two Cold Springs on the Qinghai-Tibetan Plateau. Geosci. Front. 2012; 3: 317–325. doi:10.1016/j.gsf.2011.12.004.
Maruyama A., Honda D. , Yamamoto H., Kitamura K., Higashihara T. Phylogenetic Analysis of Psychrophilic Bacteria Isolated from the Japan Trench, Including a Description of the Deep-Sea Species Psychrobacter Pacificensis sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2000; 50(2): 835–846. doi:10.1099/00207713-50-2-835. PMID10758895
Perreault N. N., Andersen D. T., Pollard W. H., Greer C. W., Whyte L. G. Characterization of the Prokaryotic Diversity in Cold Saline Perennial Springs of the Canadian High Arctic. Applied and Environmental Microbiology. 2007; 73(5): 1532–1543. doi.org/10.1128/AEM.01729-06
Perreault N. N., Greer C. W., Andersen D. T., Tille S., Lacrampe-Couloume G., Lollar B. Sh., Whyte, L. G. Heterotrophic and Autotrophic Microbial Populations in Cold Perennial Springs of the High Arctic. Applied and Environmental Microbiology. 2008; 74: 6898- 6907. doi:10.1128/AEM.00359-08
Rudolph C., Wanner G., Huber R. Natural Communities of Novel Archaea and Bacteria Growing in Cold Sulfurous Springs with a String-of-Pearls-Like Morphology. Applied and Environmental Microbiology. 2001; 67(5): 2336–2344. doi:10.1128/aem.67.5.2336-2344.2001.
Teixeira L. M., Merquior V. L. C. The Family Moraxellaceae. In: Rosenberg E., DeLong E. F., Lory S., Stackebrandt E., Thompson F. (eds) The Prokaryotes. Springer, Berlin, Heidelberg. 2014. https://doi.org/10.1007/978-3-642-38922-1_245
Willems A. The Family Comamonadaceae. The Prokaryotes: Alphaproteobacteria and Betaproteobacteria. 2013: 777–851. 10.1007/978-3-642-30197-1_238.
Zhang J., Kobert K., Flouri T., Stamatakis A. PEAR: a Fast and Accurate Illumina Paired- End Read Merger. Bioinformatics. 2014; 30: 614–620.
Иванов В. В., Невраев Г. А. Классификация подземных минеральных вод. Москва : Недра, 1964. 168 с. Текст : непосредственный.
Трухин Ю. П. Геохимия современных геотермальных процессов и перспективные геотехнологии. Москва : Наука, 2003. 376 с. Текст : непосредственный.
Bozal N. Characterization of Several Psychrobacter Strains Isolated from Antarctic Environments and Description of Psychrobacter luti sp. nov. аnd Psychrobacter fozii sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2003; 53(4): 1093–1100. doi:10.1099/ijs.0.02457-0.PMID12892132
Camacho A., Rochera C., Silvestre J. José, Vicente E., Hahn M. W. Spatial Dominance and Inorganic Carbon Assimilation by Conspicuous Autotrophic Biofilms in a Physical and Chemical Gradient of a Cold Sulfurous Spring: The Role of Differential Ecological Strategies. Microbial Ecology. 2005; 50: 172–184. doi:10.1007/s00248-004-0156-x
Chaudhary A., Haack Sh. K., Duris J. W., Marsh T. L. Bacterial and Archaeal Phylogenetic Diversity of a Cold Sulfur-Rich Spring on the Shoreline of Lake Erie, Michigan. Applied and Environmental Microbiology. 2009; 75(15): 5025–5036. doi:10.1128/AEM.00112-09
Edgar R. C. Search and Clustering Orders of Magnitude Fster than BLAST. Bioinformatics. 2010; 26: 2460–2461.
Edgar R. C. UPARSE: Highly Accurate OTU Sequences from Microbial Amplicon Reads. Nature Methods. 2013; 10: 996–998.
Guðmundsdóttir R., Kreiling A. K., Kristjánsson B. K., Marteinsson V. Þ., Pálsson S. Bacterial Diversity in Icelandic Cold Spring Sources and in Relation to the Groundwater Amphipod Crangonyx islandicus. PLoS One. 2019; 14(10): e0222527. doi:10.1371/journal. pone.0222527
Hammer Ø., Harper D. A. T., Ryan P. D. PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica. 2001; 4(1): 1–9. http:// palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
Kirchman D. L. The Ecology of Cytophaga-Flavobacteria in Aquatic Environments. FEMS Microbiol Ecol. 2002. 39(2): 91–100.
Klindworth A., Pruesse E., Schweer T., Peplies J., Quast C., Horn M., Glöckner F. O. Evaluation of General 16S Ribosomal RNA Gene PCR Primers for Classical and Next-Generation Sequencing-Based Diversity Studies. Nucleic Acids Res. 2013. 41(1): e1. doi 10.1093/nar/gks808
Li G., Jiang H., Hou W., Wang S., Huang L., Ren H., Deng S., Dong H.. Microbial Diversity in Two Cold Springs on the Qinghai-Tibetan Plateau. Geosci. Front. 2012; 3: 317–325. doi:10.1016/j.gsf.2011.12.004.
Maruyama A., Honda D. , Yamamoto H., Kitamura K., Higashihara T. Phylogenetic Analysis of Psychrophilic Bacteria Isolated from the Japan Trench, Including a Description of the Deep-Sea Species Psychrobacter Pacificensis sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2000; 50(2): 835–846. doi:10.1099/00207713-50-2-835. PMID10758895
Perreault N. N., Andersen D. T., Pollard W. H., Greer C. W., Whyte L. G. Characterization of the Prokaryotic Diversity in Cold Saline Perennial Springs of the Canadian High Arctic. Applied and Environmental Microbiology. 2007; 73(5): 1532–1543. doi.org/10.1128/AEM.01729-06
Perreault N. N., Greer C. W., Andersen D. T., Tille S., Lacrampe-Couloume G., Lollar B. Sh., Whyte, L. G. Heterotrophic and Autotrophic Microbial Populations in Cold Perennial Springs of the High Arctic. Applied and Environmental Microbiology. 2008; 74: 6898- 6907. doi:10.1128/AEM.00359-08
Rudolph C., Wanner G., Huber R. Natural Communities of Novel Archaea and Bacteria Growing in Cold Sulfurous Springs with a String-of-Pearls-Like Morphology. Applied and Environmental Microbiology. 2001; 67(5): 2336–2344. doi:10.1128/aem.67.5.2336-2344.2001.
Teixeira L. M., Merquior V. L. C. The Family Moraxellaceae. In: Rosenberg E., DeLong E. F., Lory S., Stackebrandt E., Thompson F. (eds) The Prokaryotes. Springer, Berlin, Heidelberg. 2014. https://doi.org/10.1007/978-3-642-38922-1_245
Willems A. The Family Comamonadaceae. The Prokaryotes: Alphaproteobacteria and Betaproteobacteria. 2013: 777–851. 10.1007/978-3-642-30197-1_238.
Zhang J., Kobert K., Flouri T., Stamatakis A. PEAR: a Fast and Accurate Illumina Paired- End Read Merger. Bioinformatics. 2014; 30: 614–620.
Статья.pdf